نام مبارک امام پنجم محمد بود . لقب آن حضرت باقر یا باقرالعلوم است ،بدین جهت که : دریای دانش را شکافت و اسرار علوم را آشکارا ساخت . القاب دیگری مانند شاکر و صابر و هادی نیز برای آن حضرت ذکر کرده اند که هریک باز گوینده صفتی از صفات آن امام بزرگوار بوده است .
کنیه امام " ابوجعفر " بود . مادرش فاطمه دختر امام حسن مجتبی ( ع ) است . بنابراین نسبت آن حضرت از طرف مادر به سبط اکبر حضرت امام حسن ( ع ) و از سوی پدر به امام حسین ( ع ) می رسید . پدرش حضرت سیدالساجدین ، امام زین العابدین ، علی بن الحسین ( ع ) است .
تولد حضرت باقر ( ع ) در روز جمعه سوم ماه صفر سال 57هجری در مدینه اتفاق افتاد . در واقعه جانگداز کربلا همراه پدر و در کنار جدش حضرت سید الشهداء کودکی بود که به چهارمین بهار زندگیش نزدیک می شد .
دوران امامت امام محمد باقر ( ع ) از سال 95هجری که سال درگذشت امام زین العابدین ( ع ) است آغاز شد و تا سال 114ه . یعنی مدت 19سال و چند ماه ادامه داشته است .

مسموم شدن امام باقر(علیه السلام)
آنچه مسلم است این است که امام باقر( علیه السلام) با طرح مرموز ومخفیانه هشام بن عبدالملک ، مسموم شد وبه شهادت رسید، ولی عامل وچگونگی آن به روشنی مشخص نیست .
بعضی می نویسند: ابراهیم بن ولید بن یزید بن عبدالملک ( پسر برادر زاده هشام) آن حضرت را مسموم كرد 
وبعضی می نویسند : زید بن حسن به دستورهشام ، زهر را به زین اسب مالید واسب را به حضور امام باقر( علیه السلام) آورد، واصرار کرد که آن حضرت برآن سوار گردد ، آن حضرت ناگزیر بر آن سوار شد وآن زهر دربدن او اثر کرد ، به گونه ای که رانهایش متورم شد وسه روز به سختی در بستر بیماری افتاد وسرانجام به شهادت رسید .
آن حضرت ساعات آخر عمر  خود را با کفنهایی که  که باآن احرام بجا آورده بود مشخص نمود 
ازکف برفت صبر و نماندش دگر قرار
دین شد تهی زمخزن اسرارکردگار
ازضعف برجبین منیرش عرق نشست
ارکان پنجمین امامت زهم شکست
گاهی زبان به ذکر حق وگه شدی به هوش
ازدل کشیده آه شرربار وشد خموش

امام باقر (علیه السلام) در بستر بیماری
کلینی به سند صحیح  اززراره روایت کرده است که گفت روزی از حضرت امام محمد باقر (علیه السلام) شنیدم که فرمود :
درخواب دیدم که برسرکوهی ایستاده ام ومردم ازهرطرف آن کوه به سوی من بالا می آمدند چون مردم بسیاری دراطراف آن کوه جمع شدند به ناگاه کوه بلند شد ومردم ازهرطرف آن فرو می ریختند ، تا آنکه جماعتی برآن کوه باقی ماندند واین اتفاق پنج مرتبه تکرارشد ، گویا آن حضرت این خواب رابه وفات خود تعبیر فرموده بود ، که بعدازگذشت پنج شب ازاین خواب به رحمت ایزدی پیوستند .
درکافی وبصائر الدَّرجات وسایرکتابهای معتبرروایت کرده اند که حضرت امام صادق(علیه السلام) فرمود :
که پدرم بیماری سختی گرفته بود وبیشتر مردم ازبیماری حضرت ترسیدند واهل بیت آن حضرت را به گریه درآمدند که امام باقر(علیه السلام) فرمود :
من دراین بیماری ازدنیا نخواهم رفت زیرا دو نفر نزد من آمدند وبه من چنین خبردادند پس ازآن بیماری صحت یافت ومدتی وسالم بود .
وبرای من زمین را بشکاف وگود کن زیرا که من فربه هستم ودرزمین مدینه برای من نمی توان لحد ساخت .
علت فرمایش حضرت آن است که زمینهای مدینه سخت بودند به جای آنکه قبر را به اندازه قد متوسط انسان گود کنند ، معمولاً برای قبر درآن زمینها لحد درمی آوردند یعنی حفره ای به اندازه جسد دردیوار قبردرسمت قبله درست می کردند وچون امام صادق(علیه السلام) فربه وچاق بودند ودردیوار قبربه سختی جای می گرفتند ، لذا وصیت کردند که زمین را برای این امر گود نمایند تا ایشان به آسانی وبدون مشکل درقبر شریفشان جای گیرند .
پس گفتم : ای پدر بزرگوار من امروز تورا ازهمه وقت سالم تر می بینم وناراحتی درتو مشاهده نمی کنم حضرت فرمود : آن دونفر که درآن بیماری صحت وسلامت من راخبر دادند دراین بیماری به نزد من آمدند وگفتند : دراین مریضی به عالم آخرت رحلت می نمایی وبه روایت دیگری فرمود :
که ای فرزند ، مگر نشنیدی حضرت علی بن الحسین (علیهما السلام) من را ازپس دیوار ندا کرد که ای محمد بیا وزود باش که ما انتظار تورا می کشیم .
کلینی به سند حسن  روایت کرده است که حضرت امام محمد باقر(علیه السلام) هشتصد درهم برای تعزیه وماتم خود وصیت فرمود .
وبه سند موثق  ازحضرت امام صادق(علیه السلام) روایت کرده است که پدرم گفت :
ای جعفر ازمال من برای ندبه کنندگان وقف کن که ده سال درمنی درموسم حج برمن ندبه وگریه کنند ورسم ماتم راتجدید نمایند وبرمظلومیت من زاری کنند .
کلینی به سند معتبر نیزروایت کرده است که چون امام محمد باقر(علیه السلام) به جهان باقی رحلت نمود ، حضرت امام صادق(علیه السلام) فرمود : که هرشب درحجره ای که آن حضرت درآن وفات یافته بود ،چراغ         می افروختند .
شیخ عباس قمی میگویند : که درتاریخ وفات آن حضرت اختلافست و وفات ایشان درروز دوشنبه هفتم ذیحجه سال صدو چهاردهم به سن پنجاه وهفت سالگی درمدینه مشرفه اتفاق افتاد .
وفات ایشان درایام خلافت هشام بن عبدالملک بود وگفته شده که آن حضرت راابراهیم بن ولید بن عبدالملک بن مروان به زهر شهید کرده وشاید به امر هشام بوده است .
قبر مقدس آن حضرت به اتفاق همگی دربقیع ، كنار قبر پدر وعم بزرگوار خود ، حضرت امام حسن (علیه السلام) قرار دارد .